Năm 1901, Dunant được thưởng giải Nobel Hòa bình đầu tiên cho vai trò sáng lập "Phong trào Chữ thập đỏ quốc tế" và việc khởi xướng Công ước Genève của ông. Bác sĩ quân y Hans Daae của Na Uy, người đã nhận được một bản sách của Müller, đã biện hộ cho trường hợp của Dunant tại Ủy ban Nobel. Giải này được trao chung cho Dunant và Frédéric Passy, một người Pháp theo chủ nghĩa hòa bình và sáng lập Liên đoàn Hòa bình (Peace League) và cùng hoạt động với Dunant trong tổ chức "Liên minh vì Trật tự và Văn minh" (Alliance for Order and Civilization). Lời chúc mừng chính thức của Ủy ban quốc tế cuối cùng đã tiêu biểu cho sự phục hồi danh dự của Dunant:

"Không ai xứng đáng với vinh dự này hơn ông, vì chính ông, 40 năm trước, là người đã phát động tổ chức quốc tế để cứu giúp các thương binh trên chiến trường. Không có ông, phong trào Chữ thập đỏ, thành tựu nhân đạo cao cả của thế kỷ 19 dường như sẽ không bao giờ được hình thành."

Moynier và toàn thể Ủy ban quốc tế cũng đã được đề cử cho giải này. Mặc dù trong quá trình bầu chọn, Dunant được sự ủng hộ rộng rãi, ông vẫn là một ứng viên gây tranh cãi. Một số người lý luận rằng Chữ thập đỏ và Công ước Genève đã làm cho chiến tranh hấp dẫn hơn và có thể hình dung được bằng việc loại bỏ một số đau khổ của nó. Vì thế, Müller, trong một lá thư gửi cho Ủy ban Nobel, đã biện luận là giải này sẽ được chia cho Dunant và Passy, người mà đôi lúc trong cuộc thảo luận, đã là ứng viên chính để trở thành người duy nhất được nhận giải. Müller cũng gợi ý là nếu giải được trao cho Dunant, thì nên trao ngay, vì ông tuổi cao và sức khỏe kém.

Hans Daae đã thành công trong việc đem phần tiền giải thưởng của Dunant – 104.000 francs Thựy Sĩ - gửi vào một ngân hàng Na Uy và ngăn ngừa các chủ nợ của ông đụng tới món tiền này. Bản thân Dunant chưa hề tiêu đồng tiền giải thưởng nào khi còn sống.